Affetta le zucchine dal lato lungo con un coltello oppure con la mandolina e grattugia la scamorza grossolanamente. Pulisci i fiori di zucca tagliando la base ed eliminando il pistillo poi rompili in due pezzi.
Ungi le teglie e disponi un primo strato di zucchine e poi farcisci con scamorza, yogurt greco, fiori di zucca, basilico, parmigiano grattugiato e un pizzico di sale. Ripeti fino a comporre tre strati. 
Cospargi la superficie con pinoli e pepe poi inforna a 200°C per circa 15-20 minuti. Servi la parmigiana di zucchine con basilico fresco.